Gemeenten laten regelmatig een waterbodemonderzoek uitvoeren door een gecertificeerd bedrijf. Bijvoorbeeld als voorbereiding op de uitvoering van civieltechnische werken of bij wijziging van de bestemming.
De Omgevingsdienst adviseert de aangesloten gemeenten bij het voorbereiden, aanbesteden en begeleiden van een waterbodemonderzoek. Ook beoordeelt de Omgevingsdienst waterbodemonderzoeken en baggerplannen.
De Omgevingsdienst beheert relevante gegevens uit de onderzoeksrapporten in een databank. Zo kunnen deze gegevens opnieuw worden gebruikt bij toekomstig advies aan gemeenten.